Esto es algo que llevo tiempo viendo en distintas distros y es una verdadera ridiculez. Bueno digamos que el caso es similar a los gestores de paquetes que acompañan a algunos lenguajes de programación como Ruby, los cuales son bloqueados en ciertas actualizaciones. La razón es simple, si se actualiza la version en local y se sobrepasa la del paquete pero luego el paquete se actualiza puede llevar a errores en herramientas, sobre todo si se actualiza localmente por encima de la versión a la que luego actualizaría el paquete, dependencias que fallarían e incluso información que corromperia el arranque del gestor y eso es algo que estoy viendo en Telegram cuando esta en los repos y no, no menciono los errores porque menos mal que desarrollan de una forma retrocompatible los de Telegram, si no la incomodidad que resultas que se te vuelva atrás versiones cada dos por tres porque a una distro le da por ponerlo en un paquete.
Por ello, mi consejo es que si se va a meter en los repos, recompilarlo desactivándole el actualizador a Telegram tanto eliminando el binario como la opción de la interfaz y la búsqueda de versiones nuevas en el backend O, por otro lado, ponerlo en el repo y que, tras instalar, no se cargue como paquete instalado aunque lo esté (o no salga simplemente notificación de actualización y siempre salga como cualquier paquete instalado normal) y dar permisos de escritura donde esté instalado para las actualizaciones.
Tampoco se os vaya a ocurrir hacer un .desktop, Telegram genera el suyo propio local y, en caso de hacer uno global, desactiven esa opción en el código fuente de Telegram y recompilad.
